溯源新冠病毒
溯源新冠病毒
病毒是什么？它从哪里来？第一个问题已经查明，第二个还在找
休市的华南海鲜市场。华南海鲜市场位于武汉市江汉区的闹市区。
「从严格意义上说，病毒不能算是活着。病毒非生非死，存在于生命与非生命的边界之上。若是处于细胞外，病毒只是存在而已，什么也不会发生。一旦病毒进入细胞，就变成了『特洛伊木马』。病毒在繁殖时看起来是活着的，但从另外一个角度说，它们又显然是死的——只是机器而已。它的首要目标就是自我复制。」这是关于埃博拉病毒的非虚构名著《血疫》对病毒的描述。
此刻，新型冠状病毒 (2019-nCoV) 正在武汉、湖北及全中国肆虐。它呈球形封闭结构，包膜外有「皇冠」状的突起——这些名叫表面糖蛋白或刺突 (spike) 蛋白的突起，正是病毒进入细胞的敲门砖。它们最先接触宿主细胞，可识别和结合受体，引起病毒和宿主细胞膜的融合。
2019 年 12 月的某一天，这种冠状病毒经由目前未知的路径，进入了一些武汉市民的呼吸道中，最终抵达他们的肺部。它的刺突蛋白与人体呼吸道、肺组织细胞的 ACE2 (新的血管紧张素转换酶) 靶点顺利结合，侵入人体。
此后，病毒开始了疯狂的自我复制。人们随之患病，发热、乏力、咳嗽、呼吸困难……部分病人被医院诊断为急性呼吸窘迫综合征、RNA 溶血症、心脏损伤等。胸部影像学检查显示，多数病人双肺弥漫性毛玻璃样渗出影，有的像棉絮一样「全白了」——这是典型的病毒性肺炎病征。
一两周之后，大部分中青年像得了一场重感冒一样能够自愈，但有严重基础病、体质弱的中老年人则成为高危人群。一些患者死于病毒引起的呼吸功能衰竭，大部分死者死于并发症。有的危重病人体内可见「细胞因子风暴」发生，即人体免疫系统霎时间火力全开，对病毒发起自杀式攻击，可引起病人严重感染性休克甚至心脏骤停。
更可怕的是，新冠病毒具有极强的传染性。随病患打喷嚏、咳嗽、说话产生的飞沫以及飞沫形成的气溶胶，通过近距离呼吸或接触传播，病毒能轻而易举地进入其他人的口腔、鼻腔、眼睛黏膜等，传染性明显高于 17 年前肆虐中国的 SARS。SARS 疫情自 2002 年末至 2003 年 8 月 16 日，累计报告临床诊断病例 5327 例。而新冠肺炎从 2019 年 12 月 30 日首次发布疫情相关公告至 1 月 31 日，已经累计报告确诊病例 11791 例，且还有疑似病例 17988 例。
好在，迄今数据显示，新冠肺炎的病死率明显低于 SARS。据世界卫生组织，SARS 在全球共感染病例 8096 例，死亡 774 例，病死率达 9.6%。而至 1 月 31 日 24 时，湖北省累计报告新冠肺炎确诊病例 7153 例，其中武汉市 3215 例；死亡 249 例，其中武汉市 192 例。即目前新冠肺炎在湖北省和武汉市的病死率分别约为 3.48% 和 5.97%。
从埃博拉到 SARS 到病死率高达 34.4% 的中东呼吸综合征 (MERS)，再到新冠肺炎，尽管人类似乎是地球的主宰，有发达的现代医学加持，却常常对病毒这种最古老的生命体感到束手无策。单链 RNA 病毒分子被认为是最古老和原始的生命编码机制，科学家认为它们的存在可以追溯到 45 亿年前地球的原始海洋中。人类发明了可以杀死特定细菌的抗生素，但对病毒无效。因为细菌是具有细胞结构的微生物，抗生素能破坏其细胞壁或细胞膜从而抑制其繁殖生长，而病毒没有完整的细胞结构，抗生素找不到攻击点。
一种新兴传染病病毒出现后，即使人类能够研发出对付它的安全性达标的特异性药物或疫苗，也至少需要数年的时间。很多时候则没有解药。艾滋病为害人类 40 年，至今没有特效药。非洲猪瘟病毒横行 100 年，至今也无疫苗。17 年前 SARS 突袭中国，几个月后因自限性神秘消失，从始至终没有特效药。《哈里森感染病学》介绍，应对较为凶险的冠状病毒引起的 SARS 和 MERS，目前都没有确切有针对性的抗病毒治疗措施。
《血疫》作者理查德·普雷斯顿认为，每一种新兴病毒在人类群体中的传播，都仿佛是「正在衰亡的生物圈的回声」。拉沙热病毒、裂谷热病毒、奥罗波凯病毒、罗西奥病毒、马脑脊髓炎病毒、尼帕病毒、登革热病毒、HIV 病毒、埃博拉病毒……这些侵袭人类的新兴病原体原本生活在野生环境，人类活动破坏了它们赖以生存的生态。
「从一定意义上说，地球正在启动对人类的免疫反应。」普雷斯顿写道。
锁定冠状病毒
当一种新兴病毒引起疫情流行暴发时，为确诊和救治病患、切断传染途径，首先需要搞清楚两个问题——「这个病毒是什么」以及「病毒从哪里来」，即病原鉴定和病原溯源。此次新冠肺炎疫情，中国科学界迅速回答了第一个问题。但目前对第二个问题还没有明确答案。
第一时间确诊病原体，对于病患的快速确诊、治疗、药物疫苗研发及有效防控疫情都至关重要。事后复盘，中国科学界此次对武汉新型冠状病毒的研究，不可谓不快速高效。疫情发生后不久，卫生健康部门先排除了流感、禽流感、腺病毒、SARS 和 MERS 等呼吸道病原，称其为「不明原因的病毒性肺炎」。据上海市公共卫生临床中心介绍，2019 年 12 月 26 日，该中心科研项目常规收集到武汉市中心医院和武汉市疾控中心的不明原因发热患者标本一份。2020 年 1 月 5 日上午，该中心就从标本中检测出类 SARS 冠状病毒，通过高通量测序获得了该病毒的全基因组序列，根据测序数据绘制的进化树也证实武汉新型冠状病毒是历史上从未有过的。获得该科研结果后，该中心立即向上海市、上海市卫健委和国家卫健委等主管部门做了报告。
1 月 7 日 21 时，武汉病毒性肺炎病原检测结果初步评估专家组在实验室检出一种新型冠状病毒，获得该病毒的全基因组序列，经核酸检测方法共检出新型冠状病毒阳性结果 15 例，从 1 例阳性病人样本中分离出该病毒，电镜下呈现典型的冠状病毒形态。专家组由此初步判定，武汉不明肺炎的病原体为「新型冠状病毒」。
此时，距离武汉市卫健委 2019 年 12 月 31 日首次公开通报出现多例不明原因的肺炎病例，仅一周时间。距离官方宣布的首例病例发病日期 2019 年 12 月 8 日，不到一个月。可兹对比的是，当年 SARS 疫情于 2002 年底开始发端，此后花了几个月都没能确认病原体是冠状病毒。发现首例病例两个多月后的 2003 年 2 月中下旬，官方媒体还在采信时任中国疾病预防控制中心首席专家洪涛的结论——SARS 的病原体是衣原体。直到 4 月 16 日，世界卫生组织官宣 SARS 病原体是冠状病毒，这才有了定论。
初步判定为「新型冠状病毒」的结论，本来应该令人更加警醒。2003 年的 SARS 病毒，和导致 2012 年沙特暴发 MERS 疫情的 MERS 病毒，在当时都属于新兴的冠状病毒。据世界卫生组织统计，SARS 共感染病例 8096 例，死亡 774 例，病死率达 9.6%；MERS 共感染 2468 例病例，死亡 851 例，病死率高达 34.4%。
致命性冠状病毒的可怕在于，它的传染性强，且尚无特异性抗病毒药物或疫苗被证实对人类有效。美国约翰·霍普金斯大学健康安全中心高级学者阿梅什·阿达利亚 (Amesh Adalja) 告诉财新记者，对于人类感染的冠状病毒，目前都没有真正的特效药或疫苗。
冠状病毒 (Coronaviruses，CoVs) 是一类 RNA 病毒，属于巢病毒目冠状病毒科的正冠状病亚科，其下分为α、β、γ和δ四个属。其病毒颗粒的表面有许多规则排列的刺突，整个病毒像一顶皇冠，因而得名「冠状病毒」。它是目前已知 RNA 病毒中基因组最大的病毒，通常呈现为球形封闭结构的颗粒，具有囊膜，基因组为线性单股正链，大小在直径 60 纳米至 200 纳米之间。由于单链 RNA 的结构特点，冠状病毒比双链 RNA 病毒或 DNA 病毒更容易发生变异。
冠状病毒最重要的结构就是那顶标志性的皇冠，即表面糖蛋白或叫刺突蛋白。这个位于病毒最外层的蛋白最先接触宿主细胞，承担着识别和结合受体的作用，并引起病毒和宿主细胞膜的融合——也就是一个生物感染上这一病毒的过程。不同的冠状病毒拥有不同的刺突蛋白，因此结合的受体也不同。除人类外，冠状病毒还可感染蝙蝠、猪、牛、猫、犬、貂、骆驼、老鼠、刺猬等多种哺乳动物以及多种鸟类。
此前，已知感染人的冠状病毒有六种。其中四种致病性较低，一般仅引起类似普通感冒的轻微呼吸道症状。但另外两种——大名鼎鼎的 SARS 病毒和 MERS 病毒则可引起严重的呼吸系统疾病。而引起此次疫情的新冠病毒不同于这六种病毒，国家卫健委认定它为一种属于冠状病毒亚科β属的新型冠状病毒。
1 月 10 日，上海市公共卫生临床中心、华中科技大学武汉中心医院、武汉市疾控中心、中国疾控中心传染病预防控制所联合澳大利亚悉尼大学，成功破译武汉发现的新冠病毒基因组，并将该病毒基因组序列信息共享到 Virologic.org 网站和 GenBank 上。《科学》杂志次日发表文章称赞道，「这对于全球公共卫生来说十分重要，所有在此过程中付出努力的人员都应当得到承认、感谢和荣誉」，「数据共享对于国计民生十分重要」。世界卫生组织驻中国代表高力亦表示，「短时间内初步鉴定出一种新型病毒是一项瞩目成就，表明中国应对新疫情的能力有所提高。」
新出现的致病病毒的毒力和传染性都是未知的，而官方通报的新冠肺炎数据一度让人乐观。据武汉市卫健委当时通报，截至 1 月 10 日 24 时，初步诊断有新冠病毒感染的肺炎病例 41 例，其中重症 7 例、死亡 1 例。更关键的是，「未发现明确的人传人证据」，且病例发病时间全部在 2019 年 12 月 8 日至 2020 年 1 月 2 日之间，自 1 月 3 日之后未发现新发病例。也因此，当时无论是国家卫健委的通报，还是国家卫健委专家组成员的公开言论，都称疫情「可防可控」。
后来的事实证明，这一被世界卫生组织命名为「2019-nCoV」的新型冠状病毒，远远不是这么「温和」。
SARS 的「近亲」
随着疫情的发展，科学界的研究数据和结论陆续出炉，新冠病毒被发现与可怕的 SARS 病毒居然是「近亲」关系。
1 月 19 日，国家卫健委发布通报称，新冠病毒传染来源尚未找到，疫情传播途径尚未完全掌握。通报中首次未提及此前的「不排除有限人传人」「持续人传人风险较低」的说法。至当天，官方数据显示，疫情已造成武汉市 3 人死亡、9 人危重症、198 人确诊。
1 月 20 日，国家卫健委高级别专家组组长、中国工程院院士、呼吸病学专家钟南山在接受央视采访时表示，「现在可以说，(新冠肺炎) 肯定有人传人现象。」他介绍，目前有 14 名医务人员因护理新冠病毒的病人而受到感染。
1 月 22 日，国家基因组科学数据中心正式发布 2019 新冠病毒资源库。经数据分析，新冠病毒与 2003 年暴发的 SARS 病毒基因组序列相似度为 80.3%，与 2017 年 2 月从中华菊头蝠采集到的 bat-SL-CoVZC45 基因组序列相似性最高，相似度为 87.99%。
随后，诸多专业人士对基因序列的分析结果显示，此次新冠病毒确实属于 2003 年在中国大量传播的 SARS 病毒的「近亲」。「你可以理解是它 (SARS 病毒) 的兄弟姊妹。」上海市呼吸病研究所副所长兼肺部感染研究室主任胡必杰说。
复旦大学病原微生物研究所所长、病毒学家姜世勃告诉财新记者，武汉新冠病毒跟蝙蝠的冠状病毒 21 和 45 全基因非常相近，但其受体结合部位又和感染人的 SARS 冠状病毒非常相近，所以可能经过了一个中间宿主就转变成了感染人的病毒。
上述科学界对「病毒从哪里来」的研究，多是基于数据分析得出结论。1 月 23 日，科学界一份基于实验结果的重要研究出炉，取得新进展。当日，中国科学院武汉病毒研究所研究员石正丽团队在 bioRxiv 预印版平台上发表文章「一种新型冠状病毒的发现及其可能的蝙蝠起源」。该研究表明，新冠病毒与 SARS-CoV 的基因序列一致性达 79.5%，与云南菊头蝠中存在的 RaTG13 冠状病毒一致性高达 96%。这表明其自然宿主很有可能是蝙蝠。
文章称，自 SARS 暴发以来，在其自然宿主蝙蝠体内发现了大量与 SARS 相关的冠状病毒 (SARSr-CoV)。先前的研究表明，其中一些 SARSr-CoV 病毒有可能感染人类。新冠病毒在武汉引起了急性呼吸综合征的流行，该疫情始于 2019 年 12 月 12 日 (原文如此)，在疫情早期，石正丽团队从 5 名患者身上获得该病毒的全长基因组序列，它们基本上一致。对 7 种非结构蛋白的成对蛋白序列分析表明，新冠病毒属于 SARSr-CoV。重要的是，该团队证实，这种新的冠状病毒进入细胞的受体与 SARS-CoV 一样，均为 ACE2。
石正丽团队曾为 SARS 病毒的动物宿主溯源提供多个重要证据，曾于 2017 年确定 SARS 病毒是经过几个蝙蝠 SARS 样冠状病毒重组而来，并首次在中国蝙蝠体内检测到尼帕病毒和埃博拉病毒抗体，是国际上蝙蝠病毒研究领域最有影响力的实验室之一。上述重要研究发表后，立即引发专家关注。
一位要求匿名的中科院研究员向财新记者介绍，96% 的基因序列一致性证明新冠病毒「应该是起源于蝙蝠这类」，但还不能证明其是直接由蝙蝠传给人的。因为病毒有 3 万个核苷酸，「4% 就是 1200 个点，还有一定的差距，直接传播的都要 99% 以上的一致性，」该人士打比方说，人类和黑猩猩的基因组序列一致性接近 98%，「就说它俩的差距比人和黑猩猩的都大」。
该人士认为，石正丽团队上述研究最重要的贡献是，通过实验证明了新冠病毒进入人体细胞的受体 ACE2 与 SARS 病毒一样，「这样我们 17 年前所做 (防控 SARS) 的那些工作，都可以立刻为当下所用。」
美国康奈尔大学医学院计算生物学一名在读博士，在读完石正丽团队的文章后解读说，除了一致性，新冠病毒与云南菊头蝠中存在的 RaTG13 的 S 基因序列长度都比其他冠状病毒要长，两者均对「新病毒的天然宿主很可能是蝙蝠」的结论形成了有力支撑。
值得一提的是，在 SARS 暴发 15 年后的 2017 年，中国科学家才在单一菊头蝠种群中找到 SARS 的全部基因组组分，证明 SARS 冠状病毒来自蝙蝠。当时，石正丽团队经过全国各地的取样，在云南省的一处洞穴内找到类似于人类版的冠状病毒毒株，通过对生活在洞中的蝙蝠长达 5 年的监测，对 15 株毒株进行基因组序列分析，发现它们共同包含构成人类版病毒的所有基因组组分。同时他们发现，这些毒株频繁重组，很可能在此过程中诞生了一株 SARS 病毒。然而，远在云南的蝙蝠病毒是如何传播到广东省的果子狸和人类身上，且没有在云南找到任何疑似病例的，迄今仍是未解之谜。
蝙蝠是哺乳动物中的「异类」，拥有独一无二的和鸟类一样的飞行能力。在漫长的进化中，蝙蝠拥有了极快的新陈代谢速度和 DNA 修复能力，由此获得了强大的免疫系统，能携带许多病毒而自身安然无恙。作为群居动物，病毒往往在蝙蝠的个体和种群间广泛传播。此外，在飞行时蝙蝠的体温高达 40 摄氏度，这也意味着它们携带的病毒能在人体高热的情况下生存。近 50 年来，尼帕、亨德拉、埃博拉、马尔堡、SARS、MERS……这些致命病毒的自然宿主都是蝙蝠。
目前科学家对新冠病毒的致病机理和性状等的研究，还处于初级阶段。宾夕法尼亚大学医学院副研究员李懿泽告诉财新记者，病毒的致病机理和毒力是无法通过分析病毒基因序列来判断的，必须通过动物实验或临床实验去检验。目前资料仍然很少，没有确切的动物感染模型去研究，只有有限的临床数据可供参考。他特别提到，新冠病毒不能利用小鼠的 ACE2 感染细胞，说明不能简单地拿小鼠做动物模型，需要用表达人 ACE2 的转基因小鼠。现在已经有这种小鼠或可以实验病毒进入其细胞受体，从而详细研究其病理。他判断，真正从科学研究层面确定新冠病毒的致病机理和毒性，「估计要等半年以上」。
香港城市大学传染病和公共卫生系教授德克·法伊弗 (Dirk Pfeiffer) 1 月 22 日接受财新记者采访时表示，预测病毒是否会变异，特别是是否会变异为人们担心的传播力和致病力更强的病毒，就像赌博一样。尽管这种病毒会以一定的速度变异，但很难迅速转变为更具传染性和高致病性的病毒。
「人们还需要好几周才能完全了解这一病毒的特性，包括潜伏期、毒力等问题。」 阿梅什·阿达利亚 1 月 24 日对财新记者说，「对于官方来说，当下最重要的是真实地评估这次疫情的严重性，尤其是了解重症患者的真实发病率，从而对这一病毒进行风险分级。」
中间宿主难觅踪影
找到病毒可能的自然宿主，仅回答了「病毒从哪里来」这个问题的一半。对疫情防控来说，更为重要的是找到新冠病毒的中间宿主究竟是哪种动物。中间宿主是指天然不携带某种病原体，但是可以被天然宿主携带的病原体感染，并可以向其他物种传播病原体的宿主。只有找到它才能切断源头，防止病毒再传染给人。
从基因溯源来看，SARS 和 MERS 都来源于蝙蝠体内的冠状病毒，通过中间宿主感染到人。SARS 的中间宿主很可能是果子狸，MERS 的中间宿主是骆驼。为什么一个病毒会从蝙蝠到中间宿主再到人类？很重要的一个原因是基因发生了同源重组。
同源重组是一种基因改变的方式，指两条同源区的染色体通过配对链的断裂和再连接产生片段交换。通俗地说，就是染色体在复制时，基因组上的某一段片段被另外一段替换掉了。病毒感染宿主需要识别宿主细胞的抗原，之后才能入侵细胞。而如果同源重组的片段刚好能识别抗原的蛋白，还可以识别人类的抗原，那么病毒在「找到」人类之后，就可以实现入侵。
1 月 22 日，北京大学、广西中医药大学、宁波大学及武汉生物工程学院学者联合攻关，在《医学病毒学》(Journal of Medical Virology) 杂志在线发表的一篇研究论文称，新冠病毒似乎是蝙蝠冠状病毒与起源未知的冠状病毒之间的重组病毒。在新冠病毒的 spike 糖蛋白中发现了未知来源的同源重组，与其他动物相比，蛇是最有可能携带新冠病毒的野生动物。
但该研究随后受到质疑。免疫学学者商周在微信公众号「知识分子」上撰文表示，SARS 和 MERS 病毒的传递始终是在哺乳动物之间进行的。但蛇不是哺乳动物，而是爬行类动物。此外，用同义密码子使用偏向分析的研究方法并不适合用来研究冠状病毒的宿主。
前述康奈尔大学博士也向财新记者提到，根据密码子偏好的相似度进行推测，不能作为直接证据。
确定中间宿主需经过复杂而严格的实验流程。2003 年 SARS 期间，现香港大学新发传染性疾病国家重点实验室主任以及流感研究中心主任管轶与其团队在广东发起 SARS 病原调查和诊断。
根据管轶 2013 年的口述，寻找 SARS 中间宿主的过程中，他们曾前往深圳市东门市场去做野生动物取样，共取了 8 种动物的 25 个标本。拿回去研究时，他要求每个标本设三对码，代表头、体和尾，只有三对码的结果都是阳性的才能挑出来作为备选。这样做的理由是，病毒在传播中并不知道哪个动物喜欢它，哪个动物不喜欢它，因此有的动物虽然感染了病毒，但病毒不能完成复制，只有一部分存留。只有三对码结果全部为阳性，才能证明病毒已经很好地完成了复制。
而此次新冠肺炎疫情发生后，野生动物取样条件受限。2019 年 12 月 31 日，武汉市卫健委通报称，近期部分医疗机构发现接诊的多例肺炎病例与华南海鲜市场有关联。次日，华南海鲜市场贴出休市公告，随后进行了彻底的环境卫生整治。
一些科学家因此没能从华南海鲜市场成功取样。管轶对财新记者称，追溯动物源是个比较复杂的过程，需要规模和体系等科学分析，而当时华南海鲜市场封掉、洗地，「犯罪现场都没了，没有证据怎么破案啊？」中国科学院院士、中国疾病预防控制中心主任高福也表示，「证据确凿，病源非常清晰是野生动物，但由于市场关了，并不清楚是哪种。」
华南海鲜市场位于武汉市江汉区的闹市区，距汉口火车站不足 1 公里，被认为是此次新冠病毒疫情的起源地。中国疾控中心 1 月 27 日发布的《2019 新型冠状病毒态势进展和风险评估报告》中称，目前研究认为新冠病毒可能于 2019 年 12 月初从湖北省武汉市华南海鲜市场的某种野生动物外溢及其市场环境污染感染人，进而造成人与人之间传播。
李懿泽认为，如果现场已被破坏，没有及时采集当时所售的野生动物样品，那就只能通过大规模筛查野生动物的方式找到中间宿主，「难度太大了。」此外，即便能筛查到野生动物，也不太可能像 SARS 期间锁定果子狸那样高度确认。
不过，中国疾控中心病毒病所已经两次成功在该市场取样。据央视报道，1 月 1 日上午 8 时，中国疾控中心病毒病所研究团队赴华南海鲜市场，针对病例相关商户及相关街区集中采集环境样本 515 份，运送至病毒病所进行检测。1 月 12 日，病毒病所专家再次在华南海鲜市场采集野生动物贩卖商铺相关标本 70 份，并转运至实验室进行检测。
1 月 26 日，该所公布相关检测结果：从华南海鲜市场的 585 份环境样本中，检测到 33 份样品含有新冠病毒核酸，这些阳性样本分布在市场上的 22 个摊位和 1 个垃圾车，海鲜市场西区的七街和八街靠近市场内部的区域存在多家野生动物交易商铺，而这一区域的阳性标本也比较集中，占全部阳性样本的 42.4% (14/33)，这显示此次疫情很可能与野生动物交易有关。
但该所并未锁定具体是哪一种动物。国家卫健委主任马晓伟当日表示，目前对新冠病毒的认识还十分有限，传染源还没有找到，传播致病的机理以及病毒变异情况还不清楚。
病毒新源头
1 月 24 日，一篇论文又为武汉华南海鲜市场是不是新冠病毒的惟一疫源地，打上了问号。
武汉市金银潭医院副院长、主任医师黄朝林，中日友好医院呼吸与危重症医学科主任曹彬，北京地坛医院传染病临床研究中心教授李兴旺，中国医学科学院病原生物学研究所教授任丽丽，武汉同济医院呼吸科主任赵建平等多位中国临床专家，当日在权威医学期刊《柳叶刀》上在线发表了一篇论文「新型冠状病毒感染患者的临床特点」。
武汉市首批 41 例确诊的新冠肺炎患者被集中收治在金银潭医院，这篇《柳叶刀》论文的研究对象正是这 41 名初始病例。该论文中的图表及内文显示，这 41 名初始病例中，首例感染新冠病毒的患者出现症状的日期是 2019 年 12 月 1 日。这比官方后来公布的首例病例发病日期 12 月 8 日，早了一周时间。其次，此首例病例无华南海鲜市场暴露史，其家人也未出现发热和呼吸道症状。九天之后的 12 月 10 日，后续 3 例病例发病，其中 2 例也没有华南海鲜市场暴露史。此后自 12 月 15 日，有华南海鲜市场暴露史的病例集中出现。「首例病例和后续病例之间，没有发现流行病学联系。」论文称。
论文还显示，41 例病例中，有 27 例 (占 66%) 有华南海鲜市场暴露史，剩下的 14 例无华南海鲜市场暴露史。
1 月 27 日，《科学》杂志在线发表报道称，武汉新冠病毒肺炎的疫源地可能并非华南海鲜市场。报道称，41 例病例中有 13 例 (与上述 14 例不符，可能因对 1 个家庭集群感染病例的统计口径差异) 与华南海鲜市场无关。
「(13 例) 这是一个很大的比例。」美国乔治敦大学 (University of Georgetown) 传染病学家丹尼尔·鲁西 (Daniel Lucey) 回复《科学》称，如果该论文的数据是准确的，那么第一个病例应该是在 2019 年 11 月被病毒感染的，因为在感染之后和与出现症状之前有一个潜伏期。国家卫健委的诊疗方案称，新冠病毒的潜伏期一般为 3 天–7 天，最长不超过 14 天。
这就意味着，在 2019 年 12 月中下旬一批有华南海鲜市场暴露史的病例出现之前，病毒就已经在武汉的某些地方和某些人之间悄无声息地传播。
上述中国疾控中心病毒病所 1 月 26 日披露的信息显示，该所从华南海鲜市场 585 份环境样本中检测到的含有新冠病毒核酸的 33 份阳性样本，分布在 22 个摊位和 1 个垃圾车上。香港中文大学流行病学教授唐金陵据此推测，华南海鲜市场当时应该存在病毒的多点来源，而且它们之间比较分散，「几十个病人短期内同时出现，且又没有彼此接触的历史，说明感染的野生动物可能不是偶然性地进入了一家摊位，而是短期内同时进入了多家门店，这样才可能同时引起这么多人发病。」他对财新记者表示，该病毒在野生动物传染源里可能已经比较常见，这就增加了这些动物进入其他市场或再次进入市场，进而感染人类的可能性。
「最初的发源地可能不是一个点，而是一大片，而且有人传人的可能性。扑灭疫情的早期没做最坏的打算。」唐金陵说，考虑到初期感染者有部分没有华南海鲜市场接触史和感染者密切接触史，除华南海鲜市场外，还需考虑武汉其他市场有无病毒检出，探明「一大片」的范围究竟有多大，以最终彻底切断动物再传染人类的机会。他同时也强调，这些推测是基于目前有限的数据，正确与否需要进一步调查验证。
美国圣地亚哥斯克里普斯研究所的进化生物学家克里斯蒂安·安德森 (Kristian Anderson) 向《科学》杂志表示，有一种可能的情况是，在华南海鲜市场外的人已经感染了新冠病毒，然后这一病毒被带进了市场。而这种情况也是与目前的数据和信息相一致的可能性之一，这是「完全合理的」。另外两种可能性则是，病毒来源可能是进入市场的一组或者一只已经被感染的动物。
《柳叶刀》论文的通讯作者之一曹彬回复美国科学新闻网站 ScienceInsider 时表示，目前比较明确的是，华南海鲜市场应该不是新冠病毒的惟一发源地，「但老实说，我们现在仍然不知道病毒究竟从哪里来。」
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